Le Frac des Pays de la Loire noue des liens privilégiés avec l'Éducation Nationale en accueillant notamment les enseignants en formation ou en visite avec leurs classes.

Dans le cadre d'une convention avec le Rectorat de l'Académie de Nantes, la Drac et la Région, Le Frac bénéficie de l’intervention de deux coordinateurs territoriaux DAAC, Hélène Quéré,
professeure d’arts plastiques et Erwan Mandin, professeur d’arts appliqués.Le Frac met en place des expositions d’œuvres de sa collection, des présentations de livres d'artistes et de vidéos dans les établissements scolaires. Ces actions dont les contenus et les thèmes font l'objet d'un travail avec les enseignants visent à s'inscrire en lien avec les programmes et à être définis dans le cadre de projets d'établissements.

Chaque année, plus de 16 500 élèves et 500 enseignants sont concernés par les activités que le Frac mène sur l'ensemble du territoire régional.